關於闌尾炎，雖然《內經》和漢代張仲景已早有認識，也創造了有效的治療方法，但對闌尾炎發病的誘因和病機等還缺乏係統的認識。陳實功總結自己的臨床觀察所見，認為男子暴急奔走，影響腸胃的消化轉送功能，造成腸胃出血，濁氣壅塞腸胃，容易發生闌尾炎；婦人產後體虛多臥，缺乏活動，造成腸胃功能失調，也容易導致闌尾炎；饑餓、過飽、酒醉、飲食生冷、擔負重物，都容易導致闌尾炎。他在《外科正宗》中所繪製的腸癰圖，所標明的體表部位是很精確的。這說明他觀察病人非常細致，洞察力和綜合分析能力也是十分驚人的。
在內外科的關係上，陳實功強調外科醫生不僅要掌握外科治療技術，同時也有必要掌握內科知識。
在護理方麵，他強調要注意病人的飲食營養，反對無原則的飲食禁忌。隻要是創傷、瘡瘍，醫家就要病人忌食雞、鴨、魚、肉等，坊間也多這樣認為，陳實功則反對，指出這不但妨礙了病人的營養吸收，也降低了病人抗禦外傷、修複瘡瘍的能力。
陳實功很重視外科手術。特別對膿腫一類疾病，強調盡早手術切開引流。為了減輕病人痛苦和縮短治療時間，他還在擴大治療範圍、創造手術器械和精心設計手術方法上作出了傑出的貢獻。
食道異物在當時是一個相當棘手的疾患。陳實功發明了烏龍針，他指出：如果針、釘、魚骨等異物在咽部，可從口內以烏龍針取出；若已到咽部以下，則用烏龍針送到胃內，以便大便排出。病人誤吞針、釘、骨刺哽於咽部的時候，陳實功的方法是：用亂麻筋一團，搓龍眼大，以線穿係，留線頭在外，用湯水弄濕，急吞下咽，頃刻扯出，其針頭必刺入亂麻團中同出。如不中，則再吞再扯，以出為度。在今天看來，這種方法是比較簡單而原始的。但在三百多年前，設計出這樣精巧的器械，則具有較高的科學價值。陳實功在治療脫疽（血栓閉塞性脈管炎）和摘出鼻痔（鼻息肉）方麵也進行了許多成功的探索。
陳實功所以能在外科學的發展中取得這樣偉大的成就，與他一生刻苦鑽研是分不開的。陳實功不但醫術高明，而且醫德高尚，平時以“五戒”“十要”要求自己。主要內容是醫生不得計較診金的多少；對貧富病人要平等對待；醫生不得遠遊，不得離開職位，以免危急的病人因得不到及時的治療而發生意外；醫生勤讀先代名醫確論之書，旦夕手不釋卷，細心體會，使臨症不會發生錯誤；對藥物則一定要精選，絕不可粗製濫造等等。
簡評：
陳實功改變了過去外科隻重技巧而不深研醫理的落後狀況，在發展外科醫學方麵起到了重要作用。
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