雖然諒山已取得大捷，左宗棠也一直上書反對議和，但是人單言薄，和約簽訂，“法國不勝而勝，中國不敗而敗”的結局已然無可改變。左宗棠和張之洞、王德榜等諸多主戰的愛國官兵隻能眼睜睜看著英、法等侵略國肆意掠奪中華物產而暗自惱恨。和約簽訂10天後，左宗棠則病急攻心，隻好再次疏請告假回鄉，清廷隻準其一月病假，而不準開缺。
我們可以看到，自從左宗棠成功收複新疆回京以來這四五年間，左宗棠的身體狀況是一日不如一日，先是中暑，然後目疾，接著手腳疼痛、咳血等，左宗棠多次告假都未獲準回鄉養病，隻是在任休養。左宗棠對此也並未提出異議，而是精忠敬守，以國事為重。然而，清廷對於一個三代老功臣隻是以假期和好言相勸，要其以命報國，實在有點讓人痛心。偌大的晚清，在列強的炮轟之下，連多一個能夠堅強抵禦外侮的人都沒有了，而要把一個風燭殘年的老人的最後一絲燈油耗盡。這樣的政權，正表明了它的空虛無力，朝中無人。也為此，洋人才敢於把晚清欺淩到人神共憤的地步。
對於自己的身體狀況，左宗棠是再清楚不過的了，他曾自述：
自到福建以來，食少事煩，羸瘦不堪；手腕顫搖，難以握筆，批閱文件，萬分吃力；時間稍長，即感心神彷徨無主，頭暈眼花。有時渾身痛癢，並經常咳血；偶爾行動，即氣喘腰痛。
如此病痛折磨，我們讀來已覺淒厲，何況左宗棠每天都要承受此番煎熬？清廷也許無奈，因為朝中無能人，隻好把最後的一棵救命稻草握在手中，直到他“春蠶到死絲方盡，蠟炬成灰淚始幹”。左宗棠深知自己雖然年老，但是多少還能起到一點警醒當局者的作用，因此在議和前後幾次上書，極言中國台灣的重要性。
他以為，“要萌宜慎，防兵難撤”，因為西洋人的詭計多端他已經領教過很多回了，中國也早已因此被他們玩弄了許多回。對於議和的事情，一定要謹慎。如果到了萬不得已必定要失去對越南的管控，那麽國土基隆和澎湖一定要還回來才準許簽約。
左宗棠的疏請一直沒有回音，他在病重請假後又再次上書，對於海防、民生和中國台灣問題都提出精辟的建議。
首先在中國台灣問題上，左宗棠認為“台灣孤注大洋，為七省門戶，關係全局，請移福建巡撫駐台灣，以資震懾”，可設為行省。清廷納其建議，在左宗棠逝世兩個月後，任命福建巡撫為台灣巡撫，福建巡撫則改由閩浙總督兼管，台灣設行省，任命劉銘傳為首任台灣巡撫。可以說，台灣沒有脫離中國，左宗棠是功不可沒的。
另外，對於海防，左宗棠是數十年一日都在操心。在這次中法戰爭中，福建水師的覆滅，南北洋艦隊的不配合，都讓左宗棠深感海防的虛弱不堪。因此，他以為海防事務必須有專人統管，不能再分權打理。這個統管海防事務的人就叫“海防大臣”，由其“駐紮長江，南拱閩越，北衛畿輔”。此外，對於新興的“鐵路、礦物、船炮各政應及早舉行，以策富強之效”，具體辦法有備造船艦、仿造鐵路、製定軍隊操練規則、注意培養士氣等。清廷很認真地考慮了他的建議，在設台灣為行省的同時，成立了海軍事務衙門，由奕統理全部海防事務。左宗棠的建議為清廷在列強的環伺中拚命掙紮以自強求富提供了其實可行的方向和策略，但可惜，左宗棠沒能看到，而更可惜的是，清廷命數將近，左宗棠能挽救其一時，卻終不能力挽狂瀾於既倒。
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