就在左宗棠平複婺源，曾國藩攻克安慶的前後，清廷宮內發生了幾起變故。首先是鹹豐皇帝於是年七月十五日病死於承德行宮，皇位由年僅6歲的載淳即位，慈禧、慈安兩宮太後垂簾聽政。不久後，由於以肅順為首的八大臣反對太後垂簾聽政，慈禧便加害他們，把他們免職、流放乃至處死。而後，清廷宮內就再也沒有權勢敢於反對太後幹政了。說是兩宮臨政，其實都是慈禧一人把政，慈安是不大理會朝政的，也沒有慈禧那麽會計謀、懂權術。而載淳，隻不過做一個傀儡皇帝。
慈禧擅權之後，太平天國仍然是清廷的一大內患，而綠營兵無能除之，目前就隻有曾國藩等人領導的湘軍能與之抗衡。因此，慈禧把平定太平軍的希望大部分都寄托在湘軍身上，便對曾國藩大加信賴，江西戰事的捷報傳來，慈禧委任其督領南方蘇、皖、贛、浙四省的軍務。曾國藩一人擔當四省軍務重任是不能分身，於是疏請左宗棠為其分擔。清廷由是下詔左宗棠督辦浙江軍務，並因曾國藩的密保而隨後升任浙江巡撫。從組建楚軍到東征江西前後不過一年多時間，左宗棠多次升任，從襄辦軍務的鄉紳轉而為清廷督撫之列，升遷之快，既讓人感歎時勢造英雄，也讓人敬服其誌勇謀略之非凡。是年十二月，左宗棠領命前往浙江。
左宗棠督統浙江軍務，是曾國藩全麵殲滅太平軍的戰略方向之一，曾國藩還安排了曾國荃率湘軍主力自安慶進攻天京，而李鴻章則領新建淮軍經滬攻蘇南。李鴻章的新建淮軍，後來成為與湘軍勢均力敵的一股軍事集團。此時，李鴻章、左宗棠等人都是曾國藩的屬下，後來兩人的功績或官階職權都在曾國藩之上，可見曾國藩用人眼光十分精到。
此時還有一人，湘軍領袖之一、湖北巡撫胡林翼在是年八月二十六日於武昌去世，湖北軍務由此稍有延誤，而曾、左、胡聯盟也開始瓦解，湘軍的力量相較從前略有衰勢。左宗棠與胡林翼是世交，胡林翼的去世讓左宗棠十分悲痛，祭文以悼，其中寫道：“自公雲無，無與為善，孰拯我窮？孰救我偏？我憂何訴？我喜何告？我苦何憐？我死何吊？”胡林翼於左宗棠，就是一生唯一的知己。左宗棠本性自負，然而對於至交知己胡林翼的建議往往能夠聽取，因為左宗棠的性格、誌向，沒有誰比胡林翼更清楚了。左宗棠不善與人交往，但卻與胡林翼無話不談，從未紅臉過，這樣一生難求的知己，相交相知30年，而今正是壯年展翅的年紀，沒想到就此陰陽兩隔。從此，左宗棠的苦悶情愁、喜怒哀樂就再也沒有一個這麽好的傾聽者和勸慰者了。左宗棠此去浙江一人統領全省軍務，也沒有人和他排憂解難、共圖大計了。
胡林翼去世前曾寫信勸勉左宗棠，要把他們未竟的事業一直堅持下去，在他看來，左宗棠的大業將會比他和曾國藩做得都要遠大。胡林翼是智多星，他對左宗棠的預測很準，在他去世後20年，左宗棠果然成就千秋偉業，為國家和子孫後代收複了廣袤的新疆大地。而這一切，都離不開胡林翼從一開始千方百計說服他加入平滅太平軍的行動。
左宗棠於同治元年，亦即1862年一月進入浙江，開始了收複浙江的計劃。首先他壯實了自己的軍隊力量，不僅增兵，從楚軍成立起初的5000人增加到後來的萬餘人，更增加精將，奏請調任原廣西臬司蔣溢澧為浙江布政使，原湖南總兵劉培元為衢州總兵，並令劉培元建立水師。這樣一來，麵對太平軍的數十萬大軍，左宗棠更有取勝的信心了。
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