貲財千萬作灰揚，富客豪商氣不狂。
九九歸元誰受累，大東道主是西商。
晉商受到最早的創傷是在太平天國革命時期，太平天國起義迅速席卷了大半個中國，清軍與太平軍在漢口近代俄國在華設立的銀行等地反複爭奪，聚集在這裏的山西商號也就多次遭受浩劫，損失不可計數。江南地區晉商遭受的巨大損失是因戰爭雙方的劫掠造成的。在太平天國革命中，山西商人在南方的商號大多被搶掠一空，許多家族收縮了在南省各地的經營規模，步入衰敗。以後甲午戰爭、庚子之亂、日俄之戰，晉商損失慘重。有的商號損失多達數千萬，元氣大傷。在庚子之亂和辛亥革命後，晉商的財富化為烏有，各家大戶紛紛衰落。
兩次鴉片戰爭、中日甲午戰爭、庚子年八國聯軍侵華戰爭以及1905年日俄戰爭都給晉商帶來一次又一次的災難。第二次鴉片戰爭中，晉商在京津兩地的店鋪悉遭破壞。庚子之變，京城200多家當鋪又盡遭搶劫，這其中山西商人的當鋪占了90%以上。甲午、日俄戰爭則使晉商在東北和華北的字號遭受了巨大損失，總額在數千萬兩上下。介休北辛武村冀氏在道光時號稱家資300萬兩，京、津東北遍布冀氏的商號，僅湖北襄樊一帶就有冀氏店鋪70餘家。如此闊綽的大戶，在經曆一係列的動蕩後很快變成了一個債台高築的破落戶，後來靠一知恩圖報的小夥計幫忙，求到山西巡撫清代戰亂圖岑春煊的門下，才保留了冀氏在介休北辛武村的老宅，使冀氏子孫有一個安身之所，至於曾經興旺發達的商鋪和富甲天下的資財卻一無所有了。冀氏的經曆其實就是山西商號的一個縮影，祁縣、太穀、平遙、靈石等地的山西商人幾乎無一例外地都經曆過這一令人叫苦不迭的時期。
晉商從清末開始走向衰敗，而清政府對商人的肆意侵榨，是晉商走向衰落的一個重要因素。清末除商稅、關稅外，鹹豐年間開始征收厘金，商人備受其苦。山西從光緒元年（1875）開始到十九年（1893），大量增設厘卡，每年厘金收入由9萬兩上升到22萬兩，藥捐、票捐、鹽價加斤等各類捐輸每年增加銀20萬兩，到清末全省已有厘卡35處，凡藥、鹽、皮、貿、煙酒、煤、糧都是厘金征收項目，到光緒三十四年（1908）厘金收入近代東北火車站高達31萬兩。再有是濫征、重征商稅。1875年，山西普源公商號由廣東采辦藥材、藥酒，運銷直隸，途經天津，被鈔關重征，以至商人賠累，被迫改道，由山東運銷青島。
近代交通發展後，貿易路線改變也對晉商的經營有不小的影響。1845年以後，外國的一些輪船公司在中國先後開辟了若幹航線，沙俄對華貿易也由陸路改為走天津、大連、海參崴的海上運輸，這就改變了中國舊有的商品運輸路線。山西作為對俄、歐貿易要衝的商路逐步改變，晉商曆來占有的地理優勢也逐漸喪失。中東鐵路、京綏鐵路等線路的開通，對晉商舊有的經營商路又是一次打擊。早在清光緒十六年（1890），李鴻章在彼得堡與俄政府達成秘密協議，允許俄國建西伯利亞到海參崴的鐵路即中東鐵路。光緒二十九年（1903）七月，鐵路通車。俄商利用海上運輸和中東鐵路運輸商品，而晉商是用駱駝、馬車走蒙古大漠運送商品的，二者一相比較，優劣自然分明。
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