暹羅破真臘國都吳哥，真臘遷都金邊，次年，吳哥窟被高棉人遺棄，森林逐漸覆蓋漫無人煙的吳哥。後來有些高棉人獵戶進入森林打獵，無意中發現宏偉的廟宇，也有一些當地的佛教徒在廟旁邊搭蓋屋寮居住，以便到廟宇中朝拜，但吳哥遺跡多不為世人所知。1586年，方濟各會修士和旅行家安東尼奧。達。馬格達連那（Antonio da Magdalena）遊曆吳哥，並向葡萄牙曆史學家蒂歐格。都。科托報告其遊曆吳哥的見聞：“城為方形，有四門有護城河環繞……建築之獨特無以倫比，其超絕非凡，筆墨難以形容”。但達。馬格達連那的報告，被世人目為天外奇談，一笑置之。1857年，駐馬德望的法國傳教士夏爾。艾米爾。布意孚神父（Charles Emile Bouillevaux，1823年—1913年）著《1848-1856印度支那旅行記，安南與柬埔寨》，報告吳哥狀況，但未引人注意。1861年1月，法國生物學家亨利。穆奧（Henri Mouhot）為尋找熱帶動物，無意中在原始森林中發現宏偉驚人的古廟遺跡，並著書《暹羅柬埔寨老撾諸王國旅行記》，大肆渲染，他說“此地廟宇之宏偉，遠勝古希臘、羅馬遺留給我們的一切，走出森森吳哥廟宇，重返人間，刹那間猶如從燦爛的文明墮入蠻荒”，這才使世人對吳哥刮目相看。法國攝影師艾米爾。基瑟爾（Emile Gsell）是世界上最早拍攝吳哥窟照片的攝影師。1866年他發表的吳哥窟照片使人們可以目睹吳哥窟的雄偉風采。1907年，暹羅將暹粒、馬德望等省份歸還柬埔寨。1908年起，法國遠東學院開始對包括吳哥窟在內的大批吳哥古跡進行為期數十年的精心細致的修複工程。吳哥窟的190米寬的護城河，如一道屏障，阻擋森林的圍困，因此吳哥窟比其他吳哥古跡，保存得最完整。但仍然雜樹叢生，有些樹根深植入部分建築物的紅壤磚縫隙，逐漸將縫隙擴大，最後將紅壤磚推落，使建築物坍塌。修複工程包括幾個方麵的工作：清除雜草、樹林、積土、白蟻，穩定地基，支撐搖搖欲墜的建築物，然後運用考古學家在希臘雅典和印度尼西亞爪哇等地古跡重建工作中發展起來的分析重建術，運用在吳哥古跡的重建上。清理吳哥窟的工程在1911年完成。30年代，開始用分析重建術複原吳哥窟。分析重建法要求必須用遺址的原來材料，按原來的古代的建造方法複原遺址，隻有在原物無存的情況下才允許適當使用代替物。這項工作到了六十年代曾因柬埔寨政局動蕩而停頓，於1990年代重新展開。吳哥寺在十四世紀中葉成為大乘佛教寺，因十三世紀時真臘國王闍耶跋摩七世奉大乘佛教為國教。十五世紀初葉暹羅入侵吳哥之後，因暹羅人信奉上座部小乘佛教，吳哥寺變為上座部佛寺。此後吳哥寺一直是上座部小乘佛寺，延續至今。
地理與交通
吳哥窟位於柬埔寨暹粒市（Siem Reap）北約5.5公裏，即北緯13°24′45″，東經103°52′0″。暹粒-吳哥國際機場（代號：REP）有航班直達曼穀、新加坡、吉隆坡、胡誌明市、台北等地。也可搭航班到柬埔寨首都金邊，然後由陸路搭長途汽車或由水路搭快艇到暹粒市。吳哥窟是吳哥古跡中離暹粒市中心最近的古跡。在吳哥窟北2公裏是吳哥王朝的最後國都大吳哥（Angkor Thom）；巴雲寺、空中宮殿、巴肯寺和巴普昂寺都在此城中。吳哥窟西北3公裏有巴肯寺，東北4公裏有豆蔻寺、茶膠寺等古跡。
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