盡管秘書長是“國際官員”，但他的教育與出身影響了他的政治傾向。因此，誰來當秘書長，是黑人還是白人，是亞洲人還是歐洲人，懂英語還是法語……都成為強國角逐的對象。
鑒於秘書長在聯合國舉足輕重的地位，秘書長的選舉向來為各會員國和世界所重視。
第一任秘書長賴伊是在1946年的第一屆聯大上選出的。當時提出的候選人很多，從英國的艾登到美國的艾森豪威爾。
但會上普遍認為，為保證秘書長的公正與忠於憲章，這一職務不應由常任理事國的人員擔任。於是澳大利亞和新西蘭等一些中小國家支持挪威外交大臣賴伊出任秘書長。蘇聯、美國等5個常任理事國都願意接受。特別是蘇聯，堅持表示非賴伊不選。經安理會推薦，2月1日大會以46票對3票通過了對賴伊的任命。這樣，賴伊成為聯合國第一任秘書長。
由於在朝鮮戰爭問題上，賴伊站在美國一邊說話，蘇聯轉而指責他為“美國侵略者的幫凶”。年賴伊任朗屆滿時，蘇聯堅持反對賴伊連任，美國針鋒相對，不同意任何其他人接任。安理會雖經六次秘密會議進行協商，始終未能取得一致意見，也就無從對下任秘書長的委派作出正式推薦。當時聯合國大會通過一項決議，使秘書長延長任期三年。理由是，聯合國憲章並未規定秘書長的具體任期，其具體期限是大會於1946年單獨予以規定的。當時蘇聯認為，過期秘書長未經安理會推薦再次任職是無效的，因此拒絕予以承認。
1950年時，美國極力推薦賴伊連任，但大國基於自己的政策考慮改變態度乃是常有的事。後來賴依遭到來自美國方麵的批評，不得不於1952年11月10日辭職。
第二任秘書長哈馬舍爾德於1953年4月10日當選，1958年連任。在第二個任期中，哈馬舍爾德由於處理剛果（利）事件中的做法引起蘇聯和亞非等不少國家的反對，聯合國內出現了對秘書長的信任危機。
1960年9月27日，赫魯曉夫在第15屆聯大上發表長篇講話，猛烈抨擊哈馬舍爾德，提出改變秘書處結構的問題。他說：“這個結構在聯合國成立時，即1945年的時候，是符合各國力量對比、作用和意義的。但是，它完全不符合當前的時代。必須根據社會主義、帝國主義和中立主義國家這三類主要國家在國際舞台上新的力量對比關係來改變聯合國結構，這樣的必要性已經成熟了。”他還說，秘書長由一人擔任不能一下子客觀地反映三類國家的利益；最公正地解決聯合國秘書處的辦法是，“實行權利平等、機會平等和代表權平等的原則。聯合國秘書處應該由3個秘書組成。”他建議廢除秘書長，聯合國由代表3個具有不同社會政治製度的國家集團的3名官員來領導，每個人對其他兩人的行動都可行使否決權。
這就是著名的“三駕馬車方案”。赫魯曉夫的建議沒有得到多數會員國的支持，許多國家認為，這樣做會使聯合國癱瘓。
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