到1689年為止東印度公司可以說擁有了一個“國家”的特性，它自主地控製著孟加拉國、金奈和孟買的統治，擁有可怕的和有威脅性的軍事力量。在1698年，公司擁有了自己的格言“從屬於讚助者——英格蘭國皇和國會”（Auspico Regis et Senatus Angliae）。

    許多公司的職員在印度轉的盆滿缽滿的回到英國後建立了自己的不動產、企業和獲得了政治權利。在英國國會中公司建立了一支自己的說客隊伍。但一些原來與東印度公司協助的有野心的商人也對公司施加壓力，他們希望能夠在印度建立自己的私人公司。在這些壓力下，1694年國會通過了一個非管製法案。這個法案允許任何英國公司與印度貿易，除非國會通過法案禁止該貿易。這樣英國國會實際上取消了施行了約100年的特許狀。

    1698年國會通過法律建立了一個平行的“東印度公司”（官方名字為“英國東印度貿易公司”）這個公司擁有國家保障的二百萬英鎊的資金。但舊公司強大的分股人很快就購買了31.5萬英鎊的新公司的股份，這樣他們就在新公司中占多數了。兩個公司競爭了一段時間，很快老公司就占領了優勢地位。最後兩個公司於1702年合並，同時參加合並的還有政府的一些機構和兩個其它公司。這個新公司向政府出借了320萬英鎊，作為交換獲得了此後三年的獨一特權。這個合並公司的全名為“英格蘭商人東印度貿易聯合公司”。

    1720年英國15%的進口來自印度，幾乎所有進口通過東印度公司。公司通過其說客它再次保證了其影響，1730年公司的特許狀被延長到1766年。

    此時英國和法國之間的矛盾日益突出，兩國之間常常為控製殖民地而發生小戰爭。1742年，由於政府懼怕戰爭會導致財政困難，同意將東印度公司的特許證的期限延長到1783年，代價是公司向政府再貸款100萬英鎊。

    最後英法間的小衝突真的演變成為戰爭。從1754年到1763年在七年戰爭中，英國的主要注意力集中在加固其在歐洲和北美洲的土地。戰爭也波及到印度。公司軍隊與法軍在那裏爆發衝突。英軍統帥羅伯特。克萊武少將在印度獲得了一次出奇的勝利，戰敗了那裏的法軍，重占聖喬治堡。在1763年的巴黎條約中法國在印度的勢力僅限於本地治裏、馬希、雅南等幾個沒有武裝的貿易點。雖然這些小貿易點在此後兩百年中保留在法國手中，但法國對印度土地的願望被打破了，對東印度公司來說這消滅了它的一個大的經濟對手。

    1757年克萊芙在普拉西戰役中擊敗了法國支持的最後一支反抗力量。這次勝利卻加劇了英國與莫臥爾帝國之間的關係惡化。在奧郎澤布皇帝被廢黜後，莫臥爾帝國已經處於分裂過程中。在與公司作戰失敗後，莫臥爾皇帝放棄了對孟加拉國、比哈爾邦和奧裏薩邦的統治。克萊芙由此成為第一位英國在孟加拉國的總督。傳奇的邁索爾國王提普蘇丹也為英軍製造了一些麻煩。他是法國的同盟者，在四次英國-邁索爾戰爭中，他繼續反抗東印度公司的統治。

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