一般忍者使用的兵器五花八門，種類繁多，有手裏劍、撒菱、忍刀、吹矢、忍杖、手甲鉤、水蜘蛛、弓箭、苦無等，當然少不了武士刀。
手裏劍類似飛鏢，十碼之內可百發百中。大致可以分為十字裏劍、八方手裏劍、六角手裏劍、三角手裏劍以及"卍"字型手裏劍。
這些手裏劍擲出去後，在空中會圍繞其幾何中心旋轉，因此軌跡穩定，在近距離能夠保證一定的精度。多角型手裏劍主要依靠銳利的角殺傷敵人，殺傷力有限，所以忍者會在每個角上都塗上劇毒，是很危險的武器。手裏劍的重量在40克至60克間，一般忍者也不會攜帶幾十枚，畢竟身輕如燕是他們的優勢之一。
撒菱，又稱十字釘，是逃走時撒在身後的一種菱形武器;凡是凹凸不平，能夠刺傷雙足的東西，例如天然石頭、幹燥果實、鐵器等，都可以拿來代用。
忍刀，很鈍，附有一條長約三公尺的繩子，翻越城牆時，可以當踏腳工具，再利用繩子收回;刀鞘，臨危時可以當潛在水中的通氣管。
吹矢，就是毒針，通常藏在笛子內;有時候旅途中必需扮裝成藝人，因此，忍者除了必須學吹矢手法，還得練習吹笛技術。
忍杖，是一種以弱製強的武器，先把竹子用油處理過，兩頭包銅，打擊對手的穴道，減低對手的攻擊能力和戰鬥意誌，中間還可以藏一些武器，如鏈子、長矛等。
手甲鉤，各式各樣，有裝在指甲上的，有套在手背上的，就看當事者擅長哪種功夫，自己變把戲。
水蜘蛛，渡河時用的道具，平時可以疊起來藏在包裹內。
弓箭，忍者使用的弓分為大弓和小弓兩種。大弓用於遠射，小弓用於近射。除射箭外，還能射火箭、響箭、開花箭(一種能爆裂作響的箭)等用來騷擾敵人。現代忍者有了手槍，弓箭就顯得累贅不便。隻有一種吹弩沿用至今。
吹弩的吹管裏藏有鋼針，用力一吹，鋼針便發射出去，但發射距離僅兩三米。箭頭經常喂有毒藥，也是為了更有效的打擊敵人，並且女忍者更是弓箭使用的專家。
苦無，這種叫苦無的工具長18厘米，對它的解釋有兩種:一、是種爬牆的工具，因為有時候忍者需要貼在牆上進行任務，繩鉤就顯得有些不太方便了，用幾把苦無配合著就可以插入牆壁用腳踩著用手拉著，末端的環裏可以栓繩方便收回。
不過具體來說，忍術是十分玄妙和神秘，外人很難窺探門徑，忍者自古以來就是隱藏在暗中，進入現代社會以後更是變得越發神秘。
如今活躍在整個東瀛的忍者大都出自於甲賀流和乙賀流，甲賀流擅長五行遁術，乙賀流擅長暗器。
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