目前，強迫症病因尚不明確，對於強迫症的發病機製有多種解釋。巴甫洛夫學派認為，在強烈情感體驗影響下，大腦皮質興奮或抑製過程中，過度緊張或相互衝突形成孤立的病理惰性興奮灶，是強迫觀念的病理生理基礎；心理動力學派認為，強迫症狀來源於被壓抑的攻擊性衝動或性欲望；還有人用學習理論解釋強迫觀念是，激發焦慮的刺激與該觀念間建立條件聯係的結果；還有研究認為，扣帶回活動過度可能與強迫症的發生有關，但尚缺少扣帶回的結構或功能改變的直接證據；另一些研究表明，強迫症患者的神經-內分泌係統功能紊亂，造成神經遞質失衡，從而出現各種強迫症狀。我們的大腦之所以能夠實現各種生理功能，主要是通過各種不同神經遞質的傳遞來實現，神經遞質就好比是郵遞員，不同的郵遞員傳遞不同的信息，發揮著各種不同的生理功能。研究發現，強迫症患者體內往往會有5-羥色胺、多巴胺及中樞穀氨酸能神經元功能障礙，而抗強迫藥可使失衡的神經遞質趨向正常，從而使強迫症狀改善。
還有研究認為，強迫症與遺傳及患者的個性特點緊密相關，如強迫性人格特征是膽小怕事，謹小慎微，優柔寡斷，嚴肅古板，辦事井井有條，力求一絲不苟，注重細節，酷愛清潔等，具備這些不良個性基礎易患強迫症。臨床上也觀察到，約2/3的強迫症患者在發病前存在有強迫性人格。家係調查發現，患者的父母中有5%～7%的人患有強迫症或其他精神障礙，遠遠較普通人群高。由於人格特征主要受遺傳的影響，而人格特征又在強迫症的發病中起一定作用，因此也說明強迫症與遺傳有關。此外，上海調查資料發現，35%的強迫症患者在得病前有精神因素，強烈或持久的精神因素作用及強烈的情緒體驗的影響往往是此病發生的直接原因。凡能造成長期思想緊張、焦慮不安的社會心理因素或帶來沉重精神打擊的意外事故，也是強迫症的誘發因素。雖然這些解釋不同，但現有研究表明，遺傳因素、神經內分泌、腦功能改變、強迫人格特征及心理社會因素在強迫症發病中都起著重要作用。