此番戰役，神速前所未有，而殲敵兩萬多，也讓阿古柏失去一半兵力。況且，在阿古柏統治下的各族人民都對他的暴行痛恨非常，阿古柏不得人心。由此可見，大局已定，攻取南八城，收複南疆實屬人人可料的結局。左宗棠一方麵為了給阿古柏下馬威，而一方麵也不想再多殺兵士，傷及無辜，便勸告阿古柏：“如知去逆效順，縛白彥虎，獻南八城，固可不重煩兵力；否則，深溝高壘，先據形勢，圖老我師，則官軍分道長驅，集糧轉饋，事不容已。”清軍長驅直入，每戰必勝，節節逼近，而自己節節敗退，兵力驟降，民心不向，阿古柏也自知大勢盡失，在悵惘、“日夜憂泣”中走到庫爾勒“飲藥自斃”，留下一個分崩離析的殘局給餘部。
聽聞阿古柏已死，其子海古拉迅速從喀什噶爾趕來，把軍資武器都交給白彥虎打理，自己則運父親屍首打算逃回喀什噶爾。當他走到離喀什噶爾不遠處，卻被前來的兄長伯克胡裏殺死，並率部奪取喀什噶爾大權。奪得政權以後，他便追殺叛將阿克木汗，逼其逃亡俄羅斯。其他官紳一見伯克胡裏殘殺親弟，追殺叛將，手段凶殘，於是紛紛投誠清廷，而白彥虎也做好了逃亡俄羅斯的準備。此時的“哲德沙爾汗國”，隨著阿古柏的失勢和死亡，已然瀕臨“亡國”一線。左宗棠正等著糧餉一到，軍隊整治好，便於秋天一鼓作氣拿下南八城，全麵收複南疆。
然而就在此時，投降派又大放厥詞，比如庫倫大臣誌崇，竟然建議清廷就此作罷，不要再進軍南疆，而速與英俄兩國商議，劃定疆界。這實在是可笑可悲至極。新疆古來有之便為我國領土，浩罕阿古柏強行占領新疆，英俄兩國暗中插手我國擊退外敵，收複新疆的正義之舉，我們正應該向英俄兩國問罪才是，何以未戰而有“議和”與“劃定疆界”之說？這不明擺著告訴人家，我很怕你，你要多少地，我給你好了。未戰先乞和，況乎收複新疆實無關英俄等國，這般謬論，和後來中法戰爭因勝獲敗簡直如出一轍。
麵對如此不可理喻、毫無民族氣節的言論，左宗棠嚴厲譴責，並第一次提出對新疆設行省的建議：
方今北路已複烏魯木齊全境，隻伊犁尚未收回；南路已複吐魯番全境，隻白彥虎率其餘黨偷息開都河西岸，喀什噶爾尚有叛弁逃軍，終煩兵力，此外各城，則方如去虎口而投慈母之懷，自無更抗顏行者。……英人為安集延說者，慮俄之蠶食其地，於英有所不利。俄方爭土耳其，與英相持。我收複舊疆，兵以義動，彼將何以難之？設有意外爭辯，枝節橫生，在我仗義執言，亦決無所撓屈。……至省費節勞，為新疆畫久安長治之策，紓朝廷西顧之憂，則設行省、改郡縣，事有不容已者。
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