《重新認識毛澤東》一書的最大特點就是注重對毛澤東研究的方法論思考。盡管該書的大部分內容是對毛澤東學中有關問題的探討，但它關注的焦點問題是深化毛澤東研究的方法論反思。作者通過分析毛澤東學的曆史和現狀，透視毛澤東學的發展與中國社會發展的互動關係，解剖大批的毛澤東學研究成果和總結自己在研究中的經驗教訓，對毛澤東研究的方法論問題進行了深入的沉思。就這個方麵來說，該書的主要貢獻表現為以下四點：
其一，提出並論述了“毛澤東再認識”的問題。該書“導論”以近2.5萬字的篇幅詳細闡明了關於毛澤東再認識的一些基本問題。作者提出，“‘毛澤東再認識’是‘毛澤東學’理論體係中的一個特定概念和命題，猶如曆史學中的‘曆史學再認識’、社會主義學中的‘社會主義再認識’、文化學中的‘傳統文化再認識’等概念和命題。”作者在係統地闡述毛澤東再認識的曆史認識論根據的基礎上，明確地給出了毛澤東再認識的確切含義，認為“毛澤東再認識的根本含義就是在以往對毛澤東及其思想正確認識的基礎上繼續深入。”進而又詳細地探討了毛澤東再認識的基本內容和基本原則，並從曆史的角度再現了毛澤東再認識與毛澤東學發展的內在遞嬗關係。
其二，認真探討了晚年毛澤東研究中的方法論問題。晚年毛澤東作為一個相對獨立的研究對象，盡管近幾年來備受人們重視，也取得了不少好的研究成果，但在很多重大問題上，還存在爭議甚至比較激烈的觀點對立。作者認為，推動晚年毛澤東研究進一步深入的關鍵環節這一，就是加強方法論的反思。針對毛澤東晚年失誤問題的研究，作者指出，毛澤東晚年失誤的深層原因，主要在於當時的社會物質生活條件，而不能單純從其思想理論本身去尋找。毛澤東晚年在哲學理論上基本是正確的，但在社會主義理論方麵則存在著正確與錯誤交織的情況，在理論與實踐的關係上就更為複雜。這是由總體上的探索性、實踐觀念創立上的不完備性以及實踐上的片麵性造成的。研究這個問題應當遵循曆史唯物主義的原則，具體問題具體分析。
其三，深入研究了毛澤東鄧小平比較的方法論問題。毛澤東鄧小平比較研究是近年來毛澤東學研究中的熱點問題之一，作者不僅發表了大量的學術論文，而且漸有研究專著問世。這項研究所取得的成績是顯而易見的，主流是好的，但也不可否認存在著某些問題。如，在比較研究的方向上，自覺或不自覺地存在著以毛非鄧或以鄧非毛的傾向；在研究的方法上存在著某些非曆史和非辯證的態度；在比較研究的思路上不夠開闊並且視角上比較單一；在比較研究的課題選擇上存在著重複性和任意性。作者認為，深化毛澤東鄧小平比較研究必須對上述問題有清醒認識並從方法論的高度進行係統反思。一是要進一步明確毛澤東鄧小平比較研究的意義、宗旨和坐標；二是要對毛澤東鄧小平進行全方位、多層次、多角度和綜合性的比較研究；三是要切實強化毛澤東鄧小平比較研究中的責任意識、實踐意識和曆史意識；四是要注重對毛澤東鄧小平比較研究中的方法論進行不斷的反思。
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