皇甫嵩坐鎮襄陽，對之前在中原戰場上協從的義軍首領曹操等人，卻不太親近了，一來，曹操等人是士族，是的，曹氏雖然是宦族，但是此時卻被視為士族出身了，還有孫堅，他此時也被皇甫嵩視為士族出身了。
和這些人相比，雖然都是士族，但是地頭蛇黃忠的服從性更強一些，所以這回征伐黃巾，他重用的是黃忠。
若是準備充足的情況下，皇甫嵩是巴不得戰爭規模升級，自己也好去打大仗，他對自己的統兵能力很有自信，實際上他也有這個資格。
此時，大漢眾將，若是評比，皇甫嵩當為第一。
皇甫嵩字義真，他的叔叔皇甫規也是東漢名將、涼州三明之一，父親皇甫節曾任雁門郡太守，久為邊將，皇甫嵩少年時便有文武誌介好詩書，熟習弓馬。
皇甫嵩的仕途是從最初被察舉為孝廉、茂才開始；先為郎中，遷任霸陵、臨汾縣令，因父親去世而掛印，後來，太尉陳蕃、大將軍竇武相繼聘他為官，都沒有應召，劉宏後來以公車征辟他為侍郎，遷任北地太守。
光和七年，因叛徒唐周告密，太平道教主張角星夜傳檄四方，發動起義，史稱“黃巾之亂”。黃巾軍所到之處，燔燒官府，劫略鄉邑，一時，州郡失守，長吏逃亡，天下響應，京師雒陽為之震動。
此時，大漢王朝對此惶恐不安，馬上采取鎮壓措施，首先，劉宏命各州郡在雒陽外圍的八個關隘——函穀、太穀、廣成、伊闕、轘轅、旋門、孟津、小平津設置都尉，布防護衛；接著，任命何進為大將軍，率左、右羽林軍屯駐都亭；朝廷還采納了皇甫嵩和中常侍呂強的建議，解除黨禁，赦免天下黨人，拿出中藏錢和西園廄馬賜給將士；另外，劉宏起用盧植為北中郎將、皇甫嵩為左中郎將、朱儁為右中郎將，各持節，調發全國精兵分擊黃巾軍。
皇甫嵩與朱儁調發五校（北軍五校，為中央主要常備軍，即屯騎、越騎、步兵、長水、射聲五校尉所將宿衛兵）三河（河東、河內、河南）騎兵，同時招募精壯之士，共計四萬多人。二人各率一部，共同鎮壓潁川（郡治陽翟）黃巾軍。
朱儁先與黃巾軍波才部作戰，失敗，皇甫嵩隻得退守長社，波才率軍圍城，當時，城中兵少，眾寡懸殊，軍中震恐。皇甫嵩安慰部下，他說：“用兵有奇變，而不在兵數量多少，現在賊人依草結營，容易因風起火，如果乘黑夜放火焚燒，他們一定驚恐散亂，我出兵攻擊，四麵合圍，田單守即墨用火牛攻燕而獲勝的功勞就可以實現。”
後果然天遂人願，當晚大風驟起，皇甫嵩命令將士紮好火把登上城牆，先派精銳潛出圍外，縱火大呼，然後城上點燃火把，與之呼應。皇甫嵩借此聲勢，鳴鼓衝出。
黃巾軍缺乏戰鬥經驗，驚慌散亂，被迫後撤，這時，騎都尉曹操也奉命趕來，於是皇甫嵩、曹操、朱儁合兵，乘勝追擊，黃巾軍頑強抵抗，數萬黃巾被屠戮，皇甫嵩則被封為都鄉侯。
接著，皇甫嵩又和朱儁一起乘勝鎮壓汝南、陳國地區的黃巾軍，並追擊波才、進攻彭脫，連連取勝，平定了三郡之地。
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