陳寅恪對佛經翻譯、校勘、解釋，以及對音韻學、蒙古源流、李唐氏族淵源、府兵製源流、中印文化交流等課題的研究，均有重要發現。在《中央研究院曆史研究所集刊》、《清華學報》等刊物上發表了四、五十篇很有分量的論文，是國內外學術界公認的博學而有見識的史學家。1938年日本史學權威白鳥庫吉研究中亞史遇到疑難問題，向德、奧知名學者求助，未能解決，柏林大學乃推薦寅恪。他向寅恪請教後，才得到滿意解答。蘇聯考古學家發掘一突厥文碑石，無人能辨識，請教寅恪，終於得到準確破譯。
1937年7月，抗日戰爭爆發，日軍直逼平津。陳寅恪的父親三立義憤絕食，溘然長逝。治喪完畢，寅恪隨校南遷，過著顛沛流離的旅途生活。1938年秋，西南聯大遷至昆明，他隨校到達昆明。
1939年春，英國牛津大學聘請他為漢學教授，並授予英國皇家學會研究員職稱。他是該校第一位受聘的中國語漢學教授，在當時是一種很高的榮譽。他離昆明到香港，擬全家搭英輪轉赴英國牛津大學任教，因第二次世界大戰爆發，被逼暫居香港，任香港大學客座教授兼中文係主任。1941年12月8日，太平洋戰爭爆發，日本人占領香港，寅恪立即辭職閑居，日本當局持日金四十萬元委任他辦東方文學院，他堅決拒絕。1942年春，有人奉日方之命，專程請他到已被日軍侵占的上海授課。他又一次拒命，隨即出走香港，取道廣州灣至桂林，先後任廣西大學，中山大學教授，不久移居燕京大學任教。當時，麵對民族危亡，國民黨政府腐敗無能，消極抗日積極反共，寅恪感到痛心，而桂林某些禦用文人，竟發起向蔣介石獻九鼎的無聊活動，勸他參加，他作《癸未春日感賦》：“九鼎銘辭爭訟德，百年粗糲總傷貧”。以示諷刺。這一時期，在繁忙的教學中，他仍致力於學術研究，先後出版了《隋唐製度淵源論稿》、《唐代政治史論稿》兩部著作，對隋唐史提出了許多新的見解，為後人研究隋唐史開辟了新的途徑。
抗戰勝利後，陳寅恪再次應聘去牛津大學任教，並順便到倫敦治療眼睛，經英醫診治開刀，不僅無效，目疾反而加劇，最後下了雙目失明已成定局的診斷書。寅恪懷著失望的心情，辭去聘約，於是1949年返回祖國，任教於清華園，繼續從事學術研究。解放前夕，他到廣州，拒絕了國民黨中央研究院曆史語言研究所所長傅斯年要他去台灣、香港的邀聘，任教於廣州嶺南大學。院係調整，嶺南大學合並於中山大學。遂移教於中山大學。
解放後，他受到黨和政府的器重和無微不至的關懷，先後被先為中國科學院社會科學部委員、中國文史館副館長、第三屆全國政協常務委員等職（據《陳寅恪先生編年事輯》僅有中國科學院院長郭沫若函請陳寅恪任科學院哲學社會科學曆史研究所第二所長記載，並注明辭謝未就，薦陳垣代己。上述職務據《修水縣誌稿》），繼續任中山大學教授。自1956年，陳毅、陶鑄、周揚、胡喬木等中央領導人，都先後去看望過他。陶鑄尊重他的學識和人品，1957年親自關心他的助手配備和眼疾治療。1962年，他的右腿折跌骨，又給他派護士輪班照顧，在廣東知識界傳為美談。1962年，胡喬木前往看望，關心他的文集出版。他說：“蓋棺有期，出版無日。”胡喬木笑答：“出版有期，蓋棺尚早。”在助手的幫助下，他把《隋唐製度淵源論稿》、《唐代政治史述論稿》、《元白詩箋證稿》以外的舊文，編為《塞柳堂集》、《金明館叢稿》，並寫有專著《柳如是傳》，最後撰《唐柳堂記夢》。他的助手黃萱曾感慨地說：”寅師以失明的晚年，不憚辛苦、經之營之，鈞稽沉隱，以成此稿（即《柳如是別傳》）。其堅毅之精神，真有驚天地、泣鬼神的氣概”。
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