1992年11月16日，塔吉克斯坦最高蘇維埃舉行第16次非常會議，拉赫曼諾夫當選最高蘇維埃主席，並於當月底組成了塔共人員或親塔共人士居多數的新政府。此後，內衛部隊和支持政府的武裝（人民陣線）在獨聯體維和部對協助下遂漸占據主動，基本控製了首都及全國局勢，反對派殘餘武裝分子退人東部山區頑抗。
在俄羅斯等大國支持下，拉赫曼諾夫上台後對反對派采取了一係列強硬措施。拉赫曼諾夫認為，“近年來最大的失誤就是宗教進入政治領域並滲透到政權執構”。拉氏執政後頒布的第一號法令就是實行政教分離，把非伊斯蘭化偉力基本國策。他下令停止民主黨、伊斯蘭複興黨等黨派的活動，清洗有關政府官員，改組被反對派奪了權的廣播電視等要害部門。製造動亂的宗教頭目和反對黨頭目或被拘捕判刑或被驅逐出境。
反對派武裝雖被打垮，但並未消滅。部分反政府武裝逃入阿富汗，並加緊訓練，伺機返回塔境內發動新的攻勢。留在境內的反政府武裝主要盤踞在東部的帕米爾山區，企圖利用地理條件的化勢，“打一場類似阿富汗戰爭的遊擊戰”。
為防止反對派卷土重來，1993年2月中旬至3月初，塔吉克斯坦政府調集政府軍、國家安全部隊和內衛部隊共計一萬餘人，在俄羅斯駐塔吉克斯坦第201摩步師等獨聯體維和部對的直接參與和支持下，向盤踞在帕米爾山區的反政府武裝發動了圍剿。在曆時20多天的6次大規模軍事行動中，殲敵2000餘人。在圍剿戰鬥期間，政府軍和獨聯體維和部隊每攻占一個地方就立即抽調人員建立基層政權組織，並組建地方武裝，有效地鞏固了戰果。至3月12日，政府軍基本上消滅了帕米爾山區的反政府武裝。殘存的反政府武裝或隱藏在山區或逃往吉爾吉斯斯坦和阿富汗，也有部人員向政府投降。至此，塔吉克斯坦政府基本控製了國內局勢，內戰的烽火暫告平息。
逃入阿富汗境內的反政府武裝並不甘心失敗，在阿富汗北部武裝力量的支持下成立了指揮機構，設置廣播電台，擴大武裝，不斷向塔吉克斯坦境內進行武裝騷擾。至此，塔國內雙方的武裝衝突轉化為塔阿邊境線上的激戰。反政府武裝認為奪取政權的最大障礙是俄羅斯軍隊，因此將進攻矛頭直指駐塔俄軍。1993年7月13日，俄羅斯駐塔邊防軍第12哨所遭到來自阿富汗一側的塔吉克斯坦反政府武裝的襲擊，死傷數十人。8月19日和20日，塔反政府武裝又兩次從阿富汗越境襲擊俄軍駐守的邊防哨所。阿富汗總理也多次公開威脅要俄羅斯立即撤軍。俄羅斯總統葉利欽和俄聯邦議會立即發表聲明決心“捍衛俄羅斯及其盟邦的民族和地緣政治利益”，同時，進一步加強和調整了在塔阿邊境的軍事力量，並宣布俄羅斯第201摩步師在塔吉克斯坦的留駐期得延長至2000年。在此期間，哈薩克斯坦、吉爾吉斯斯坦和烏茲別克斯坦三國也相繼派出部隊“保衛獨聯體的共同邊境”。懾於俄羅斯及中亞各國的強硬立場和軍事壓力，阿富汗當局及阿境內塔反政府武裝在塔阿邊境的大規模軍事行動逐步收斂，這一地區的局勢才漸趨平靜。
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