1946年3月，美蘇聯合委員會在漢城開始工作。但這時國際局勢發生了重大的變化。隨著冷戰的發端、日益升級和南北兩方麵關係的不斷惡化，聯合委員會的談判在1946～1947年間陷入僵局，到1947年下半年，聯合委員會已完全癱瘓，不久就停止了工作。
1947年8月，美國提出一項由美、蘇、英、中四大國舉行華盛頓會議，討論如何盡速履行莫斯科決議的建議。但這個建議遭到了蘇聯的拒絕。
1947年9月，美國國務卿馬歇爾正式向第二屆聯合國大會提出討論“朝鮮獨立問題”的請求。雖然蘇聯強烈反對，聯合國大會還是於11月14日通過決議，決定成立了一個由九國（澳大利亞、中國、加拿大、薩爾瓦多、法國、印度、菲律賓、敘利亞和烏克蘭）組成的朝鮮問題臨時委員會，以協助正式選出的朝鮮代表成立一個朝鮮全國政府，並籌劃早日撤退占領軍。
捷克斯洛伐克、白俄羅斯、波蘭、烏克蘭、蘇聯和南斯拉夫沒有參加聯大投票。烏克蘭則拒絕參加該委員會。蘇聯外長葛羅米柯宣布，蘇聯不承認聯合國朝鮮問題臨時委員會。
1948年1月，以印度代表梅農為首的臨時委員會一行人員抵達漢城。由於北朝鮮蘇聯占領當局拒絕朝鮮問題臨時委員會進入北朝鮮，2月中旬，梅農趕回紐約與小型聯大磋商。小型聯大通過決議授權臨時委員會在“所能進入的盡可能大的朝鮮地區”單獨監督舉行選舉。
這時美軍占領下的南朝鮮局勢極度混亂，美軍為了控製局勢，不得不派出了多達43，000人之多的占領軍。相比之下，在金日成嚴密控製的北方，隻有10，000名蘇聯軍人在執行占領任務。在選舉前夕，南朝鮮曾一度出現了多達113個政黨。各派政治勢力爭權奪利，幾乎難以形成一個有效的政府。美國人並不欣賞李承晚，他們希望溫和的金九能夠出麵組織政府，但金九的遇刺，打破了他們的設想。
1948年5月，南部朝鮮在聯合國的監督下舉行了選舉，李承晚取得了壓倒性的勝利，他獲得了90%以上的選票，當選國會議員。5月31日國民議會公推李承晚擔任議長並著手製訂憲法。憲法於1948年7月17日頒布，20日李承晚當選韓國總統。8月15日大韓民國政府組成，同時美國宣布結束對韓國的占領狀態。1948年10月，李承晚在漢城宣誓就職。
與此同時，蘇聯占領下的北部朝鮮，也於1948年8月25日舉行了朝鮮最高人民會議的選舉。9月9日，以金日成為首的朝鮮民主主義人民共和國政府正式宣布成立。自此朝鮮半島正式分裂。朝鮮的分裂和其後德國的分裂，是美蘇兩方對抗的冷戰體製形成的重要標誌。
1948年12月12日第三屆聯合國大會通過了由美國等3國提出的“關於承認大韓民國政府及設立聯合國朝鮮委員會”的決議，決議宣布承認大韓民國政府是代表朝鮮的唯一合法政府。決議還決定設立由7國組成的聯合國朝鮮問題委員會（除加拿大、烏克蘭以外的原九國委員會）代替原9國朝鮮問題臨時委員會，以實現朝鮮的統一和朝鮮全部軍隊的整編工作。大會建議美蘇盡快撤退其占領軍，並由聯合國朝鮮問題委員會監督這一撤軍過程。
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