小修一行人離開野生原野區後，往陽光鎮的方向前行，途徑經過一個隻能讓單車通過的大橋，並且一行人還遇到了一個喬伊小姐，因為人手不夠被委托送藥，於是大家騎上小霞給他們購買的自行車出發，在路上，遇到了一群單車飆車族，被要求對戰，但小智他們現在的實力豈是原著中的那樣，無論是什麽神奇寶貝，都是一招秒殺，毫無懸念，然後火箭隊再次登場，不過小修他們覺得他們就是來揭穿他們自己的黑曆史的，正當他們想把他們打飛的時候，君莎小姐在此時出現，幫她們解決了一項麻煩，然後君莎小姐沒離開多久，就突然來了一場暴風雨，大家不得不冒著大雨出發，才怪！有波導之力在還會淋雨？而且雖然距離很遠，但對於小修而言隻是要稍微累一點用超能之力就行了，之前騎單車隻是想體驗一下騎單車的感覺，現在下雨了，就得趕時間了。很快，在小修的超能之力的幫助下。眾人抵達陽光鎮的神奇寶貝中心，把藥及時送給那隻生病的神奇寶貝，然後眾人便離開了；之後眾人在趕路的時候突然又下起了一場大雨，雖然有小智和小修的波導之力不會淋濕，但長久下去不是辦法，於是眾人最終躲到了一座有些陰森的小屋裏，然後伊美蒂就讓她的百變怪不斷地變化以此嚇唬小智他們，但被嚇到的也就隻有塞蕾娜他們，小智他們完全沒被嚇到，小修還指出這是一隻模仿不當的百變怪，然後小智一行人試圖幫助那隻百變怪，讓它可以模仿成功，但全部失敗，就在這時，火箭隊突然把百變怪搶走，但在找到百變怪他們的時候，眾人還演了一場火箭對模仿秀，被火箭對他們狠狠吐槽了一遍，不過伊美蒂看到在火箭隊的幫助下，她的百變怪終於可以完美模仿了，非常高興，就在這時，小修趁機把百變怪和伊美蒂傳送到他們的身邊，然後皮卡丘和小蜻把他們再次打飛；之後一行人來到了一座森林，就在這時，一隻野生的皮卡丘突然在注意著他們，於是皮卡丘和秋秋決定前往森林內部一探究竟，結果發現這裏竟然全是皮卡丘和皮丘！雖然原著裏隻有皮卡丘，但如果沒有皮丘的話哪來的皮卡丘？一開始這裏的皮卡丘和皮丘都有些害怕皮卡丘和秋秋，但很快它們就接受了，皮卡丘和秋秋很快就與它們打成一片，而且在小黃的常磐之力的影響下，這些皮卡丘很快適應了人類，在晚上，火箭隊突然抓住了這些皮卡丘和皮丘，但才剛抓住不久，就被皮卡丘和秋秋打飛，然後塞蕾娜收服了一隻皮丘，一行人就這樣離開；小修等人在旅途中遇到了一隻伊布，看它周圍又被有水與食物的盤子，而且還被人用繩子綁在樹幹上，怎麽看都像是被拋棄的，可它脖子上綁的金屬牌卻又讓大家困惑不已，於是眾人決定前往金屬牌上的地址，來到了史頓鎮的一座豪宅，裏麵正在舉辦神奇寶貝遊園會，眾人也在裏麵找到了伊布的訓練家太一，得知太一的苦惱後，小修向眾人介紹伊布的其它種類的進化型，並且還畫了其他進化型的圖，就在這時，火箭隊又跑出來搗亂，吃起了食物，很快就被小修他們又一次打飛，最終在小修的解說下，太一決定讓伊布自己選擇，伊布決定進化成草精靈，於是小修向他們說明上哪可以讓伊布進化成草精靈，然後一行人又踏上旅途；之後一行人來到了一座城鎮，想吃點東西，但這裏突然鬧旱災，沒有食物來源，於是眾人到上遊一看，發現是被一大群荊棘給堵住了河道，導致上遊的水無法往下流，眾人用盡辦法，都無法根除，於是決定叫醒那隻沉睡的卡比獸，最終在神秘老爺爺的幫助下，卡比獸被叫醒，吃光了荊棘，於是眾人繼續趕路。
最終，一行人來到了黑暗市。
“說起來很久以前我就想知道了，為什麽會有座城市叫黑暗市？”小黃說。
“是啊，我也想知道。”小智說。
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