因為和世宗政見不合，楊廷和最終被控製欲強的世宗清算，先是貶官，後是削職為民。
然而，曆史同其他事物相比，明顯的不同是：對於事物的評價標準，曆史的事實是一種情況，人們的評價是穆宗另一種情況。盡管我們很多時候沒法改變曆史的事實，但是人們的評價卻也很能說明問題。在穆宗隆慶年間，楊廷和被複官。曆史的真相可能會一時被掩埋，一些人物可能會被強權所壓製，但終究會穿越曆史的風雨完全顯現，這或許也正是曆史的迷人之處。
勝負已分
嘉靖三年，之前被貶到南京任主事的張璁、桂萼等人看到現在時機成熟了，他們再次向世宗重提舊事，他們在奏疏中提道：“循名考實，稱孝宗曰皇伯考，興獻帝曰皇考，而別立廟於大內。”
而這也正是世宗所想，目前他的地位已經趨於穩固，他知道，這場戰鬥又打響了，這次他的目標是贏，並且絕不退步。他需要幫助，很快便將桂萼、張璁等人從南京調赴北京，商議相關事項，並且在三月的時候下令將“本生父興獻帝、本生母興國太後加稱為皇考恭穆獻皇帝、本生母章聖皇太後”，“並於奉先殿側別立一室”，以盡其“追慕之情”。這一條內容讓張璁、桂萼氣憤不已，他們認為這表麵上是禮官在幫助世宗強調自己的親生父母，但是實際上卻正是禮官們的一個圈套，他們就是用這種尊敬世宗的方式來糊弄世宗，看似強化，實際上單獨說出“本生”二字就是弱化。
張璁、桂萼等人的意見很快就傳到了世宗的麵前，在六、七月份時，世宗將張、桂二人的意見匯總，明確了要刪除前麵提到的“本生”二字，這時候內閣大學士毛紀持反對意見，這讓世宗十分不高興。在張璁、桂萼兩人重新被召入宮中後，他們形成了新的“議禮派”，而楊廷和等人受到了皇帝的打壓。
在七月份時，一些官員再也沉默不住了，他們上疏反對皇帝的“去‘本生’”的行為，世宗將這些奏疏都留下，不回複。當時楊廷和的兒子翰林院編修楊慎站出來說道：“國家養士百餘年，仗節死義，全在今朝。”楊慎的話鼓舞了很多官員，包括朝廷中的九卿、翰林、給事、禦史等200多人，他們先是跪伏在左順門，希望通過這種方式來勸諫皇帝不要執迷不悟。世宗先是命令宦官傳旨下去勸退官員，但是官員們的意見是，隻有皇帝的諭旨中恢複“本生”他們才同意退下去。世宗開始還比較平靜，但是在先後勸了大家兩次之後，大家還是堅持，不同意讓步。這時候世宗再也忍不住了，他先是命令逮捕了為首的8人，然後又先後抓捕了丁汝夔等100多人。他接著又命令凡是參與的官員，四品以上官員奪俸，五品以下官員杖責，其中有16人被杖責致死。世宗將生父的神主從家鄉安陸遷至北京，並且要求在上麵上書“皇考恭穆獻皇帝”，不再提前麵說到的“本生”。
其實大臣們從一開始就不了解世宗，世宗的短暫妥協並不是認同大臣們的意見，隻是在他自己的勢力還不夠壯大時暫時避其鋒芒而已。隻是他們不了解，他們麵對的世宗從來就不是一個喜歡聽從臣子意見的人，他認準的事情是不會輕易放棄的，現在群臣跪在外麵，給他的感覺是想要威脅他，作為這場大禮儀中反對最激烈的楊廷和被免官，流放回鄉。
楊廷和被免官之後，大禮儀的風波還在繼續，當時隨著張璁、桂萼等人因為站在世宗一邊，很快就獲得了提拔。這似乎給很多一心想要在仕途上往上走的官員提醒，他們明白想要實現自己的主張，就是要不斷地迎合世宗的心思，世宗既然想要抬高自己父親的地位，一些官員甚至要求將朱祐杬入太廟。
張璁、桂萼此刻站不住了，他們死活不同意。在他們看來，盡管世宗的父親身份地位都比較尊貴，但是朱祐杬畢竟沒有做過皇帝，既然沒有做過皇帝，怎麽能夠入太廟呢？這是破壞祖宗規矩的大問題。張璁、桂萼等人提出的解決辦法是為朱祐杬另外修建一處廟宇，稱作“世廟”，這在當時獲得了世宗的認可。但是固執的世宗即使現在同意了，也不代表將來會同意，終於在嘉靖十九年，世宗將父親稱為“睿宗”，並且給父親做了非常高規格的一場儀式，可以說在這時候世宗的身份地位達到了頂峰。
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